Qualquer alteração no sistema de produção de culturas deve ser considerada com bastante cautela para evitar o aparecimento de novas pragas ou mesmo de alterações genéticas ou fisiológicas de pragas já existentes.
Fatores como o desequilíbrio biológico, cultivos intensivos, condições climáticas e edáficas variáveis, novas técnicas de cultivo, introdução de novas pragas, ausência de rotação de culturas ou rotação de culturas hospedeiras dos mesmos insetos-praga, nutrição das plantas, entre outros, podem contribuir para o aumento de pragas ou alteração da incidência das pragas convencionais.
Por exemplo, as técnicas de irrigação via "pivot" central favoreceram algumas pragas que têm preferência por umidade, como lagartas-roscas ou mesmo a mosca-da-espiga (Euxesta spp.). Em cana-de-açúcar, a proibição da queimada alterou o microclima da cultura e hoje, nas áreas de cana crua, a cigarrinha-da-raiz (Mahanarva fimbriolata), que não tinha importância na cana colhida após a queimada, chega a causar perdas significativas na produtividade agrícola. A entrada de pragas exóticas também pode ocorrer, como o bicudo-do-algodoeiro (Anthonomus grandis) na década de 80, o minador-dos-citros (Phyllocnistis citrella) em 1996 e, mais recentemente, em 2003, diversas pragas de florestas, como o psilídeo-de-concha (Glycaspis brimblecombei), para citar apenas alguns exemplos. Outros aspectos como a nutrição das plantas ou a utilização de micronutrientes via foliar poderão contribuir para o aumento ou diminuição de pragas. É sabido, por exemplo, que o ácaro-rajado (Tetranychus urticae) ocorre mais em solos ricos em nitrogênio.
Com o aumento da incidência de determinadas pragas em campo e a expansão de épocas de cultivo, o uso de defensivos agrícolas tem sido de grande importância, aumentando assim o risco da evolução da resistência de insetos aos inseticidas. Dentro deste contexto, as estratégias de manejo de resistência aos agroquímicos, assim como o monitoramento da resistência, devem fazer parte integrante dos programas de controle de pragas, além da implementação efetiva de táticas de controle não-químicas.
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